Reza Franata
Guru Biologi
Pembahasan Soal OSN-K Biologi 2025 No 5: Pemetaan Enzim Restriksi
Pembahasan Soal OSN-K Biologi 2025 No 5: Pemetaan Enzim Restriksi
Halo sobat biologi pejuang OSN! Selamat datang kembali di bank soal akhizaf.com. Pada kesempatan kali ini, kita akan mengupas tuntas Pembahasan Soal OSN-K Biologi 2025: Pemetaan Enzim Restriksi. Soal nomor 5 ini mengajak kita masuk ke laboratorium genetika untuk melakukan analisis elektroforesis DNA. Kita ditantang untuk memecahkan teka-teki susunan (peta) pemotongan enzim EcoRI dan BamHI pada sebuah fragmen DNA linear. Kunci menaklukkan soal ini adalah dengan menghitung total pasangan basa (bp) dan mencari tahu pita mana yang terpotong pada jalur double digestion. Yuk, siapkan oret-oretan kalian dan mari kita petakan DNA-nya bersama-sama!
Naskah Soal
5. Mas Gendhon ingin melakukan kloning sebuah fragmen DNA ragi berisi gen A ke dalam suatu vektor plasmid. Namun sebelumnya, ia mencoba melakukan percobaan untuk mengidentifikasi situs-situs pengenalan enzim restriksi di dalam fragmen DNA tersebut. Dari banyak enzim, ia menemukan bahwa EcoRI dan BamHI dapat mencerna fragmen DNA tersebut. Percobaan dilakukan dengan memberi perlakuan salah satu enzim secara terpisah atau kedua enzim bersamaan. Setelah itu, hasil restriksi dielektroforesis dan diamati hasilnya. Berikut hasil restriksi yang ia dapatkan. Angka di samping pita elektroforesis menunjukkan ukuran panjangnya dalam satuan pasang basa (bp).
Tentukan apakah pernyataan berikut Benar (B) atau Salah (S)!
- Kedua enzim sama-sama memiliki 2 sisi restriksi pada fragmen DNA di atas.
- Pita elektroforesis berukuran 100 bp dari hasil restriksi 2 enzim secara bersamaan sebenarnya berisi DNA dengan jumlah dua kali lipat lebih banyak dibandingkan pita lain.
- Pita elektroforesis berukuran 600 dan 300 bp masing-masing terletak di tempat yang paling ujung dari fragmen DNA yang direstriksi.
- Kloning fragmen DNA di atas ke dalam vektor plasmid sebaiknya menggunakan enzim EcoRI dan BamHI.
Analisis Visual: Memetakan Potongan DNA (Restriction Mapping)
Mari kita hitung total panjang fragmen DNA ini dengan menjumlahkan ukuran pitanya:
- Jalur EcoRI: 850 + 500 + 300 = 1650 bp
- Jalur BamHI: 950 + 600 + 100 = 1650 bp
- Jalur Double (EcoRI+BamHI): 600 + 400 + 300 + 250 + 100 = 1650 bp
Karena totalnya selalu 1650 bp, kita yakin ini adalah DNA Linear. Sekarang, mari kita susun letak potongannya (Peta Restriksi) dari kiri ke kanan:
- Perhatikan pita 600 bp dan 100 bp pada jalur BamHI. Pita ini tidak ikut terpotong saat EcoRI ditambahkan (muncul utuh di jalur ke-3). Artinya, bagian ini ada di ujung dan tidak mengandung situs EcoRI.
- Perhatikan pita 300 bp pada jalur EcoRI. Pita ini juga utuh di jalur ke-3. Artinya, pita ini tidak mengandung situs BamHI.
- Fragmen besar BamHI (950 bp) terpotong oleh EcoRI menjadi 3 fragmen: 400, 300, dan 250 (karena 400+300+250 = 950).
Berdasarkan logika tersebut, kita bisa menyusun peta DNA linier-nya dari Ujung Kiri ke Ujung Kanan sebagai berikut:
[Ujung] — 600 — (BamHI) — 250 — (EcoRI) — 300 — (EcoRI) — 400 — (BamHI) — 100 — [Ujung]
Pembahasan Rinci Per Opsi
A. Kedua enzim sama-sama memiliki 2 sisi restriksi pada fragmen DNA di atas. BENAR (B)
Penjelasan: Pada fragmen DNA berbentuk Linear, jumlah potongan (fragmen) selalu sama dengan jumlah situs restriksi ditambah satu (n+1). Karena hasil potong tunggal EcoRI menghasilkan 3 pita dan BamHI juga menghasilkan 3 pita, maka masing-masing enzim memotong DNA di 2 titik/situs restriksi.
B. Pita elektroforesis berukuran 100 bp dari hasil restriksi 2 enzim secara bersamaan sebenarnya berisi DNA dengan jumlah dua kali lipat lebih banyak dibandingkan pita lain. SALAH (S)
Penjelasan: Jika pita 100 bp berjumlah dua kali lipat (artinya ada dua fragmen berukuran 100 bp yang saling menumpuk), maka total panjang DNA pada jalur ke-3 akan menjadi 1750 bp (karena 100 bp-nya dihitung dua kali). Padahal, kita tahu total fragmennya pas 1650 bp. Pita 100 bp murni hanya berasal dari satu ujung fragmen (sebelah kanan pada peta kita), bukan tumpukan dua pita.
C. Pita elektroforesis berukuran 600 dan 300 bp masing-masing terletak di tempat yang paling ujung dari fragmen DNA yang direstriksi. SALAH (S)
Penjelasan: Berdasarkan Peta Restriksi yang sudah kita buat di atas: [600] – BamHI – [250] – EcoRI – [300] – EcoRI – [400] – BamHI – [100].
Fragmen yang berada di lokasi paling ujung (kiri dan kanan) adalah fragmen berukuran 600 bp dan 100 bp. Pita berukuran 300 bp terjepit di bagian tengah fragmen.
D. Kloning fragmen DNA di atas ke dalam vektor plasmid sebaiknya menggunakan enzim EcoRI dan BamHI. SALAH (S)
Penjelasan: Tujuan dari percobaan ini adalah untuk menyisipkan (kloning) Fragmen DNA utuh yang mengandung Gen A ke dalam plasmid. Syarat enzim yang baik untuk kloning adalah enzim yang hanya memotong di bagian ujung (flanking) fragmen target, BUKAN memotong di tengah-tengah gen.
Karena EcoRI dan BamHI terbukti memiliki banyak titik potong di dalam fragmen tersebut (menyebabkan fragmen hancur menjadi 5 bagian kecil), menggunakan kedua enzim ini sangat tidak disarankan karena akan merusak struktur Gen A yang ingin dikloning.
KUNCI JAWABAN AKHIR: B – S – S – S
Tags
About The Author
Reza Franata
Semangat!
Posts You might like
